布拉氏酵母菌散需避免與抗真菌藥、抗生素、免疫抑制劑、止瀉藥、吸附劑等藥物聯用，具體禁忌包括氟康唑、阿莫西林、環孢素、洛哌丁胺、蒙脫石散等。

布拉氏酵母菌屬于真菌類益生菌，與抗真菌藥物聯用會直接滅活菌體。氟康唑、伊曲康唑等系統性抗真菌藥可能穿透腸道黏膜破壞酵母菌活性，克霉唑等局部用藥則可能通過物理吸附降低益生菌定植效率。使用抗真菌藥物期間建議暫停益生菌補充，或間隔至少2小時服用。

廣譜抗生素如阿莫西林、頭孢克肟會無差別殺滅腸道微生物，包括外源性補充的布拉氏酵母菌。大環內酯類抗生素如阿奇霉素可能通過抑制蛋白質合成影響酵母菌增殖。需錯開給藥時間，優先在抗生素療程結束后補充益生菌。

環孢素、他克莫司等鈣調磷酸酶抑制劑可能增強布拉氏酵母菌的免疫刺激作用，存在理論上的過度免疫激活風險。器官移植患者使用益生菌前需評估免疫功能，HIV感染者等免疫缺陷人群應避免聯用。

洛哌丁胺等止瀉藥延長腸道傳輸時間，可能造成酵母菌過度發酵產氣。多潘立酮等促動力藥則加速益生菌排出，降低其在腸道的滯留時間。建議癥狀緩解后逐步恢復益生菌補充。

蒙脫石散、活性炭等吸附劑會物理結合布拉氏酵母菌，顯著降低生物利用度。消膽胺等膽汁酸螯合劑可能改變腸道環境影響酵母菌存活。需間隔3小時以上服用，優先選擇不受吸附劑影響的芽孢桿菌類益生菌。

日常使用布拉氏酵母菌散時，建議空腹或餐后2小時溫水沖服，避免與40℃以上飲品同服。可搭配低聚果糖等益生元促進定植，慢性腹瀉患者需監測排便頻率調整劑量。用藥期間出現腹脹、皮疹等不適需及時停用并咨詢醫師，糖尿病患者應注意選擇無糖配方。維持規律作息與高纖維飲食有助于提升益生菌干預效果。